İstanbul Tıp Fakültesi Klinik Nütrisyon ve Mikrobiyota Araştırma Laboratuvarı Bakteriyel Topluluk Analiz Algoritması

Amac:Bu calismada, “Bakteriyel Topluluk Analiz Algoritmasi” olusturularak 16S ribozomal RNA (rRNA) Amplikon Dizileme (AD) stratejisine dayali Yeni Nesil Dizileme Teknolojisi kullanilarak gerceklestirilen bakteriyel topluluk analizlerinden elde edilen verilerin daha verimli kullanilabilmesi amaclanmistir. Gerec ve Yontem:Calismamizda, 96 insan bagirsak mikrobiyota orneginin 16S rRNA genlerinin V3-V4 bolgeleri Illumina MiSeq sistemi kullanilarak cift-sonlu dizileme yontemiyle dizilenmistir. Biyoinformatik analizler QIIME 2 acik kaynakli yazilimi ile gerceklestirilmistir. Bulgular:16S rRNA AD kosumundaki 96 ornegin tamaminin 16S rRNA V3-V4 bolgeleri basariyla dizilenmistir. Calismanin sonunda toplam okuma 23.42 M, kumelenme yogunlugu 883 K/mm2, filtreyi gecen kume yogunlugu % 92.13, kalite skorlari ise > Q30 = % 76,7 olarak tespit edilmistir. Bu calismada elde ettigimiz veriler ve calisma surecinde olusan tecrube ve bilgi birikimimiz sonucunda laboratuvarimiz tarafindan bir Bakteriyel Topluluk Analiz Algoritmasi olusturulmustur. Sonuc:“Istanbul Tip Fakultesi, Klinik Nutrisyon ve Mikrobiyota Arastirma Laboratuvari Bakteriyel Topluluk Analiz Algoritmasi” laboratuvarimizda gerceklestirdigimiz calismalarin ayni standartlarda ve karsilastirilabilir olmasi icin kullanilacaktir. Bu algoritmanin ulkemizdeki arastirmacilar icin bir referans niteliginde olacagini dusunmekteyiz. Ayrica farkli merkezlerin bu algoritmayi kullanmalari durumunda elde edilecek veriler laboratuvarimizin verileriyle ve bu protokolu kullanan ulkemizdeki veya Dunyadaki diger merkezlerin verileriyle karsilastirilabilir olacaktir. Bu sekilde ulkemizdeki insan bagirsak mikrobiyotasi ile ilgili yapilan calismalarin veriminin ve elde edilen verilerin degerinin arttirilmasina katkida bulunmayi hedefliyoruz.