Utilisation de la SPIR pour discriminer des espèces animales sur la base de leur régime alimentaire

L'etude de l'alimentation de la faune sauvage et de son exploitation des ressources naturelles exige d'avoir une vision de leur consommation suivie dans l'espace et le temps. Des approches indirectes basees sur la recole de feces - ou de panses lorsqu'il s'agit d'animaux accidentes ou chasses - apportent beaucoup d'information mais necessitent l'analyse de grandes series d'echantillons, parfois tres lourde. La SPIR peut etre un outil interessant pour definir la qualite de la ressource alimentaire des animaux. Outre la prediction de la composition chimique des echantillons, il est possible d'utiliser directement le spectre des echantillons pour etablir des indicateurs, regrouper ou classifier des individus ou pour caracteriser leur qualite de regime par rapport a celui de leurs congeneres. Nous avons utilise la SPIR dans differents cas. Le premier exemple concerne la classification d'echantillons de contenus de panse selon l'espece animale a laquelle ils appartiennent. Ainsi 726 echantillons de contenus de panses ont ete collectes sur 4 especes animales (cerf CE, chevreuil CH, chamois IS, mouflon MO). Les echantillons seches et broyes ont ete passes en SPIR (FOSS NIRSystem 6500) et analyses d'une part pour leur composition botanique (BOTA, identification au microscope des debris vegetaux) et d'autre part pour leur composition chimique (COMPO). Une analyse discriminante a ete menee pour comparer le contenu informatif des vecteurs BOTA, COMPO et des spectres SPIR. Le taux de bon classement des AFD etait de 65.6%, 69.4% et 77.4% respectivement, suggerant que le spectre contient davantage d'information sur l'origine de l'echantillon, ou que la donnee est moins bruitee que les autres mesures. Environ 50% des echantillons mal classes par chaque methode etaient egalement mal classes dans les autres analyses, ce qui temoigne d'une coherence des donnees. Ces individus mal classes sont particulierement interessants car ils correspondent a des animaux d'une espece ayant un regime atypique par rapport a leurs congeneres, et se rapprochant le cas echeant de celui d'autres especes - avec donc une competition accrue pour la ressource. Le second exemple concerne l'application de la discrimination des especes en fonction du spectre a une collection de 3552 echantillons de feces de 4 especes animales (CE, CH, IS, MO). Le taux de succes dans le classement est de 88.0%. Les distances (Mahalanobis) entre les especes sont minimales entre IS et MO (H=6.9) ou CH et CE (H=9.9), et maximales entre CH et MO (H=20.0), suggerant des proximites entre les regimes alimentaires pour certaines especes. Une identification des individus classes dans d'autres groupes permet d'identifier des individus au regime plus proche de celui d'autres especes. Des approches semblables de classification peuvent etre basees sur d'autres criteres que l'espece (region, annee, sexe, etc.) pour ensuite etudier la proximite de chaque individu a chaque groupe. Enfin, la SPIR peut simplement predire la composition chimique des feces et des panses, avec une precision acceptable. Par exemple des indicateurs comme le taux d'azote (N) ou de lignine (ADL) sont predits avec une precision de SECV = 0.20% (N) et 2.1% (ADL) dans les panses, et SECV = 0.16% (N) et 2.9% (ADL) dans les feces. Ces resultats nous permettent de progresser dans nos connaissances en ecologie et sur la coexistence entre les especes animales sympatriques. (Texte integral)