Le microbiote intestinal à l'ère de la métagénomique : Perspectives d'application dans la filière avicole

L’etude du microbiote intestinal, chez l’Homme puis chez les animaux modeles et maintenant d’elevage, a ete revolutionnee par l’utilisation de technologies de sequencage d’ADN a haut debit qui a permis le developpement des approches de metagenomique, c'est-a-dire l’etude de l’ensemble des genomes constituant le microbiote intestinal. Ces approches ont largement contribue a montrer a quel point le microbiote intestinal est important pour son hote, dont il est en fait le symbionte, de par ses roles non seulement dans la digestion d’aliments non digestibles par l’hote mais plus generalement dans la regulation du metabolisme, la mise en place et la regulation de l’immunite, la resistance a la colonisation par des pathogenes ou le comportement via un effet sur le cerveau. Ces connaissances theoriques ont conduit a des applications diagnostiques et therapeutiques chez l’Homme. On peut esperer de la meme facon ameliorer nombre de caracteres d’interet chez la volaille, notamment sante, robustesse et efficacite digestive via l’analyse du microbiote et sa modulation par des leviers, dont certains (alimentation, probiotiques, prebiotiques) existent deja et pourraient etre ameliores. Cette revue explique ce qu’est la metagenomique, ce qu’elle apporte a la connaissance du microbiote intestinal et a quel type d’applications en elevage elle pourrait conduire, en prenant en compte ce symbionte longtemps ignore et pourtant essentiel.