Comparaison de méthodes d'analyses multivariées pour la description de données de germination de semences

L'emergence de technologies d'imagerie (acquisition et analyse d'images) en biologie a permis un changement d'echelle dans le nombre d'individus pouvant etre observes conjointement et dans la frequence a laquelle les mesures peuvent etre realisees. Par exemple, dans les etudes de germination de semences, la ou un nombre reduit de lots, contenant un nombre reduit de graines, pouvaient etre evalues, a des intervalles de temps assez longs, ce sont des centaines de lots incluant des centaines de graines pour lesquels des descripteurs peuvent etre extraits a un rythme qui se rapproche de plus en plus du temps reel. Pour le biologiste, ce changement d'echelle pose un veritable challenge pour capturer et decrire finement les comportements des lots de semences. Il represente egalement une veritable opportunite non encore exploitee de prendre en compte l'heterogeneite des individus constituant les lots. Prealablement a l'analyse de l'effet d'un ou plusieurs facteurs (genotype, traitement, etc.) sur les differentes variables quantitatives acquises lors des experiences, les analyses de correlation et analyses multivariees telles que l'analyse en composantes principales (ACP) sont desormais employees en routine par les biologistes. Dans le contexte d'acquisitions a grande echelle structurees en lots, une pratique usuelle consiste a representer chaque lot par une valeur calculee unique pour chacune des variables mesurees (moyenne, mediane, etc.). Cette approche permet de simplifier l'analyse et ameliorer la lisibilite de la visualisation en reduisant le nombre de points representes. L'heterogeneite au sein d'un lot pourrait toutefois etre potentiellement caracteristique du comportement de certains systemes biologiques, telles que les semences, et etre liee a d'autres facteurs, identifies ou non lors de la realisation de l'analyse. Il est donc important de voir a quel point il pourrait etre pertinent de prendre en compte cette heterogeneite au niveau de l'ACP. Afin d'evaluer les approches alternatives de representation des lots, nous avons choisi de comparer les resultats obtenus avec 3 methodes de type ACP sur un jeu de donnees reelles acquises au cours du projet ANR REGULEG.