Biodiversité actuelle et historique des girafes (Mammalia, Cetartiodactyla)

En 1758, Carl von Linne proposa de classer les girafes dans l’espece Cervus camelopardalis en s’appuyant sur des descriptions anciennes de specimens censes provenir du Sennar (Soudan) et d’Ethiopie. En 1785, la premiere preuve concrete (peau et squelette) de l’existence des girafes est rapportee par Francois Levaillant en provenance du Cap de Bonne-Esperance. L'exploration de l'Afrique subsaharienne par les naturalistes europeens aux XIXe et XXe siecles a permis d’enrichir les collections museales. Les nombreux specimens ramenes presentant des variations du pelage et du crâne, plusieurs especes et sous-especes ont ete decrites au fur et a mesure des decouvertes. Aujourd’hui, l’Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN) ne reconnait cependant qu’une seule espece et neuf sous-especes, alors que des etudes genetiques concluent a l’existence de quatre a sept especes au sein du genre Giraffa. Au cours de de cette these, la systematique des girafes a ete examinee en analysant trois jeux de donnees moleculaires complementaires : (1) 21 introns autosomaux disponibles dans les banques pour 137 individus ; (2) un fragment mitochondrial (couvrant le gene du cytochrome b jusqu’a la region 5’ de la region de controle) sequence pour 548 individus, dont 19 specimens historiques, notamment Zarafa et les girafes de Levaillant ; (3) quatre genes du chromosome Y (AMELY, DDX3Y, SRY, ZFY) et leurs homologues du chromosome X, extraits a partir des genomes de six girafes, deux okapis et 11 autres ruminants. L’analyse des donnees autosomales par differentes methodes de delimitation d’especes (phylogenie, structure des populations, coalescence) indique l’existence de trois especes : Giraffa camelopardalis (girafe du nord), G. tippelskirchi (girafe masai d’Afrique de l’Est) et G. giraffa (girafe du sud). Cette hypothese taxonomique est corroboree par l’analyse des genes du chromosome Y. Les discordances observees entre les donnees mitochondriales et nucleaires sont expliquees, d’une part, par des introgressions mitochondriales et, d’autre part, par la philopatrie des femelles et une plus grande capacite de dispersion des mâles. L’integration de girafes collectees aux XVIIIe et XIXe siecles dans les analyses phylogeographiques a permis de proposer une nouvelle classification du genre Giraffa, notamment une nouvelle sous-espece, aujourd’hui eteinte, decrite a partir de specimens du Senegal. L’estimation moleculaire des temps de divergence suggere que les populations de girafes ont evolue en reponse aux changements climatiques du Pleistocene.