ETUDE GENOMIQUE DES INTERACTIONS ENTRE ACANTHAMOEBA ET LES VIRUS GEANTS.

Acanthamoeba est un protiste phagocytaire ubiquitaire du sol et de l'eau. Les virus geants, incluant notamment les mimivirus, les marseillevirus ou les pandoravirus, sont d'autres micro-organismes resistants a Acanthamoeba. Ils vivent en sympatrie avec d'autres micro-organismes au sein de l'amibe, et de nombreux transferts lateraux de sequences ont ete decrits avec Acanthamoeba castellanii. De plus, certaines especes d'Acanthamoeba semblent presenter des susceptibilites differentes vis-a-vis des virus geants. L’objectif de ce travail a ete d’explorer pour la premiere fois le repertoire genique de 14 especes d’Acanthamoeba, ainsi que celui des deux especes Vermamoeba vermiformis CDC-19 et Willaertia magna c2c maky, et d’etudier leurs relations genetiques avec les virus geants. Ce travail a permis de fournir des donnees genetiques importantes et originales pour plusieurs especes d’amibes presentant des susceptibilites differentes a l’infection virale. Un autre travail a consiste a discuter des strategies de defense observees ou possibles des virus geants et de leurs hotes. La recherche d’homologues de sequences de virus geants montre la presence de plusieurs sequences potentiellement impliquees dans des mecanismes de defense. Par ailleurs, aucune trace significative d'integration de genomes ou de sequences de virophages connus n'a ete identifiee dans tous les genomes disponibles des especes d'Acanthamoeba. Finalement, nous avons mis au point differents systemes d'amorces permettant une identification des especes d’Acanthamoeba. Ces travaux ouvrent plusieurs pistes potentielles pour des travaux futurs portant sur les interactions entre les amibes et les virus geants.