Secretoma de Colletotrichum lindemuthianum revela proteínas candidatas a efetores

Colletotrichum lindemuthianum e o agente causal da antracnose no feijao comum sendo um dos principais fatores limitantes para essa cultura. Durante a interacao planta-patogeno fungos fitopatogenos secretam pequenas proteinas ricas em cisteinas chamadas de efetores, que manipulam a estrutura e fisiologia da celula hospedeira para permitir a infeccao com sucesso, por permitir que o patogeno escape ou desarme os mecanismos de defesa da planta. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi identificar e analisar proteinas candidatas a efetores em C. lindemuthianum (Cecl). Foi gerado drafts de genomas de dois isolados das racas 83 e 89 pela plataforma Illumina HISeq2500. O proteoma predito foi submetido a varias filtragens sequenciais: SignalP para identificacao de proteinas com peptideo sinal; targetP e WoLFPSORT para descartar proteinas de sublocalizacao celular; TMHMM e Phobius para excluir proteinas com dominios transmembrana e BIG-PI para excluir proteinas com âncora GPI (glicofosfatidilinositol). Foram excluidas do secretoma predito todas as proteinas ≥ 301 aminoacidos (exceto aquelas com similaridade a efetores ja descritos) e proteinas com similaridade a proteinas nao efetoras com cut-off ≤ 1e-4. Para predicao da sequencia sinal de localizacao nuclear (NLS), foram usados os programas NLStradamus, Myhits e cNLS mapper. A presenca de dominios ou motivos conservados foi determinada usando o banco de dados Pfam e CDD. O secretoma total predito foi de 1.017 (R_83) e 1.013 (R_89). Finalmente foram identificadas 280 Cecl (27,5% do secretoma) em ambos os isolados, com media de 3,6% de conteudo de cisteina, maior que os 1,1% do proteoma total. Um total de 58 Cecl foram encontradas em pelo menos uma especie de Colletotrichum e duas foram exclusivas de C. lindemuthianum. Quando comparamos a identidade entre as Cecl dos dois isolados, 238 Cecl possuem identidade de 100% e 39 Cecl variam de 85,9 a 99,6 % de identidade. Nos identificamos o total de 53 dominios e motivos, por exemplo, LysM, NPP1, Peptidase_M35 e Chitin_bind_1 em ambos os isolados. Foram encontrados 12 (R_83) e 13 (R_89) Cecl contendo NLS, indicando que estas podem atuar no nucleo hospedeiro. Neste trabalho foram identificadas varias proteinas secretadas que podem estar envolvidas com a interacao fungo-hospedeiro, incluindo algumas apresentando dominios e motivos que apontam para possiveis funcoes na interacao patogeno-hospedeiro. Isto pode facilitar futuros estudos sobre a relevância destas proteinas no processo de infecao deste patogeno.