基于RNA-Seq筛选ALV-J感染汶上芦花鸡肝差异表达致病相关基因

为挖掘感染ALV-J汶上芦花鸡的肝差异表达致病相关基因。本研究以汶上芦花鸡为试验素材，分别在42和300日龄进行ALV血液病毒分离检测筛选ALV阴性和阳性个体，对ALV阳性个体有病理变化的肝组织和阴性个体肝组织进行PCR检测，分别选取3只ALV阳性（G1组）和阴性（G2组）个体的肝组织，并对G1组PCR产物测序、聚类分析确定ALV亚型，利用RNA-Seq测序技术筛选差异表达基因，并进行功能分析，利用荧光定量qRT-PCR对部分差异表达基因进行验证。结果表明，G1组样品经PCR检测、PCR扩增产物测序和聚类分析确定ALV为J亚型，转录组分析发现，共有42个差异基因在GO和KEGG中富集，其中，上调基因18个，下调基因24个。随机选取的5个差异表达基因qRT-PCR验证结果与RNA-Seq测序结果相一致。GO分析显示，差异表达基因主要涉及细胞过程、代谢过程、对刺激的反应、免疫系统等；KEGG分析显示，差异表达基因主要富集在细胞过程、信号传导、疾病、新陈代谢等信号通路。本研究通过转录组分析发现了影响ALV-J致病性的多个基因和关键信号通路，为深入了解ALV-J致病的分子机制提供了思路。