流行性乙型脑炎病毒脑脊液分离株“47株”全基因组特征分析

目的对1950年分离自我国黑龙江省患者脑脊液的乙脑病毒“47株”进行全基因组序列的测定和分析，全面了解其全基因组特征。方法复苏毒种提取病毒RNA，使用自行设计的乙脑病毒全基因组扩增测序引物，完成对病毒全基因组序列的测定。采用DNAStar、Modehest、Phylip等生物软件完成全基因组核苷酸、氨基酸序列差异分析和乙脑病毒全基因组的系统进化分析。结果乙脑病毒“47株”全长10977个核苷酸。96至10391位为开放读码框ORF，共10296个核苷酸，编码3432个氨基酸。“47株”与5株疫苗株在全基因组水平的核苷酸差异在2．4％-4．4％之间，氨基酸差异在0．3％～1．1％之间。乙脑病毒全基因组最适进化模型为GTR＋I＋G。全基因组进化分析显示“47株”属于基因Ⅲ型乙脑病毒。结论“47株”全基因组核苷酸和氨基酸高度保守，属于基因Ⅲ型乙脑病毒。