An analysis of mismatched duplex DNA unzipping through a bacterial nanopore.

Un brin Guide de 50 bases, comprenant une sequence sonde centrale de 10 bases flanquee de deux sequences de 20 residus adenine, a ete synthetise. Des sequences cibles de 10 bases ayant jusqu'a trois changements de base entrainant un mauvais appariement ont ete synthetisees et hybridees au brin Guide en presence de KC1 1 M. Le transport de ces construits au travers de pores d'a-hemolysine a ete etudie en mesurant le blocage de courant en fonction du temps. Pour passer au travers d'un pore, l'ADN double brin complementaire necessite significativement plus de temps (840 ′ 60 μs) qu'une sequence de meme longueur ayant un seul (590 ′ 45 μs) ou deux mauvais appariements (270 ′ 50 μs). Le transport des construits ayant trois mauvais appariements prends le meme temps que celui de l'ADN Guide simple brin (120 ′ 30 μs). Ces resultats suggerent que l'ADN double brin doit se separer au moment de son transport au travers du nanopore. Les duplex comprenant de mauvais appariements se dissocient plus rapidement et peuvent ainsi etre distingues de ceux dont la complementarite est parfaite.