Identification de gènes de Theobroma cacao différemment exprimés pendant une infection par Phytophthora megakarya

La pourriture des cabosses, provoquee par differentes especes appartenant au genre Phytophthora, est la principale cause de pertes de recolte dans la production cacaoyere au niveau mondial. On a pu observer entre 15 et 80 % de pertes selon les especes de Phytophthora, P. megakarya etant la plus agressive. L'amelioration des varietes presentant une resistance durable a ete identifiee comme une priorite pour les programmes de recherche des pays producteurs, dans lesquels environ 14 millions de travailleurs tirent leurs revenus de la culture du cacao. La resistance du cacaoyer a Phytophthora est quantitative et polygenique. L'objectif de ce projet est de faire progresser notre connaissance des mecanismes moleculaires intervenant dans la resistance partielle du cacaoyer, de facon a developper des outils efficaces de selection pour augmenter le degre de resistance des cacaoyers. Ces travaux visent a developper des approches genomiques fonctionnelles pour identifier les genes candidats impliques dans cette resistance partielle. L'hybridation soustractive suppressive (SSH) a ete utilisee pour constituer les bibliotheques d'ADNc representant des genes differemment exprimes en reponse aux interactions cacaoyer/Phytophthora. Les EST ont ete sequencees et analysees par recherche Blastn et/ou Blastx par comparaison a la base de donnees NCB!. Des homologies de sequence ont ete decouvertes avec les genes lies a la pathogenie avec une fonction connue et identifiee a partir de la plante, comme les proteines PR (PR-l, glucanase, chitinase...), les kinases, les recepteurs (LRR), les facteurs de transduction et aussi a partir du pathogene, comme la proteine inhibitrice du glucanase. Nous avons mis au point une puce cADN nylon avec ces sequences EST candidates pour evaluer les genes qui s'expriment differemment entre les clones de cacaoyers resistants et sensibles infectes par Phytophthora megakarya. L'expression genique a ete menee sur des tissus foliaires d'un descendant cree en Papouasie Nouvelle Guinee issu d'un croisement faisant intervenir des genotypes Trinitario et Upper Arnazon Forastero du Perou. Deux individus resistants avec la meilleure combinaison d'alleles et deux individus sensibles avec la moins bonne combinaison d'alleles ont ete conserves et utilises pour ce travail. Plusieurs genes regules differemment entre les individus resistants/sensibles ont ete reveles par cette etude. Les resultats ont ete confirmes par des experiences de RT-PCR quantitative et ont revele l'induction precoce d'un gene de kinase pendant les premieres heures de l'infection et une expression ulterieure d'une proteine PRo L'expression des differentes proteines inhibitrices de glucanase, exprimee par l'agent pathogene, dans les clones de cacaoyer sensibles a egalement ete discutee. (Texte integral)